항구가 보이는 언덕에서 코쿠리코 하숙집을 운영하는 열여섯 소녀 [우미]는 바다에서 돌아가신 아버지를 생각하며 매일 아침 안전한 항해를 기원하는 깃발을 올린다. 그 깃발을 매일 바다 위에서 바라보는 열일곱 소년 [슌].
한편, 낡은 것을 모두 부수고 새로운 것으로 바꾸자는 사회적인 움직임과 함께, [우미]의 고등학교에서도 오래된 동아리 건물의 철거를 두고 갈등이 일어난다. [우미]와 [슌]은 낡았지만 역사와 추억이 깃든 건물을 지키기 위해 친구들과 함께 보존운동을 시작하고, 두 사람은 이를 계기로 서로에게 서서히 끌리기 시작하는데...